Là fluorouracil, carmofur đã được biết là gây ra bệnh não chất trắng, đặc trưng bởi tổn thương tiến triển đối với chất trắng trong não với triệu chứng giống như đột quỵ.[7][8][9]

Một thử nghiệm lâm sàng đối với ung thư biểu mô tế bào gan nhỏ đã bị dừng sớm vì 56% bệnh nhân được điều trị có tác dụng phụ không thể chấp nhận. Hơn nữa, việc điều trị không có lợi thế sống sót cho bệnh nhân ung thư giai đoạn 1 và 2.[10] Đây có thể là một lý do tại sao carmofur không bao giờ được theo đuổi để được FDA chấp thuận ở Mỹ.[1]